Mongaguá fez parte da Capitania de São Vicente, por consequência da 1ª Cidade do Brasil fundada por Martin Afonso de Souza em 1532. Eram constantes as passagens de mensageiros do Imperador com correspondências para Cananéia e Itanhaém.
Emissários de Martin Afonso de Souza, capitães de mato e jesuítas, encontravam em Mongaguá o local de descanso para as suas viagens. O rio Mongaguá castigava os colonizadores com febres e esses só podiam valer-se das folhas e raízes indicadas pelos nativos.

Igreja Nossa Senhora de Aparecida de Mongaguá - Mongaguá visitor guide showing a virtual tour of 'Igreja Nossa Senhora de Aparecida de Mongaguá' linked to an interactive map with local and travel information. 360° panoramas from São Paulo.